Naruto possède deux sortes de chakra : un produit par lui et un autre qui est celui du Kyûbi (démon-renard à neuf queues ou Kurama de son vrai nom) qu'il renferme en lui.
Le Katon (火遁, Katon) est fort contre le Vent mais faible contre l'Eau. Le Fûton (風遁, Fūton) est fort contre la Foudre mais faible contre le Feu. Le Raiton (雷遁, Raiton) est fort contre la Terre mais faible contre le Vent. Le Doton (土遁, Doton) est fort contre l'Eau mais faible contre la Foudre.
Les chakras tirent leur origine de la médecine ayurvédique traditionnelle, des hindous, dans l'Inde ancienne. Ils sont évoqués notamment aujourd'hui dans la pratique du yoga. Si l'on connaît les sept principaux, il en existe des milliers, secondaires.
Le niveau de chakra de Naruto est considéré comme très élevé, en partie en raison du démons renard à neuf queues. Selon Kakashi, le niveau de chakra de Naruto est environ quatre fois plus élevé que celui de Kakashi lui-même.
D'après Madara Uchiwa, le démon Shinju serait le créateur du chakra. Lorsque Kaguya Ôtsutsuki mangea le fruit produit par l'arbre divin, elle devint la première sur Terre à posséder du chakra. Grâce à ses nouveaux pouvoirs, elle mit fin aux guerres incessantes entre les hommes.
Le Shinigami (死神, signifiant littéralement : Dieu de la Mort) est l'entité spectrale invoquée pour la technique de l'Emprisonnement des Morts, fûinjutsu développé par le clan Uzumaki.
Naruto sans kurama est quatre fois le chakra minimum. Bien que ce ne soit qu'une estimation. Et comme l'a dit Kakashi : Naruto avec Kurama a déjà une grande quantité de chakra mais le sien se mélange à celui de Kurama et l'affaiblit. Alors que sans Kurama, il aurait quatre fois plus de chakra.
Naruto essaie d'attaquer Itachi, mais il est facilement arrêté. Itachi lui demande pourquoi il fait tout cela pour son frère, Sasuke. Naruto répond que contrairement à Itachi il le considère comme son frère. Naruto attaque encore mais il est pris dans le genjutsu d'Itachi, qui répète qu'il est seulement là pour parler.
Les chakras sont des points focaux en nous-mêmes où nous pouvons nous connecter à la lumière intérieure de notre vraie nature et l'exprimer. Mais les techniques d'ouverture des chakras peuvent conduire à de graves problèmes.
Le chakra du troisième œil ou Ajna se trouve entre les deux sourcils. Le chakra couronne ou Sahasrara est situé au sommet du crâne.
Le chakra qui domine votre vie est le CHAKRA DU PLEXUS SOLAIRE. C'est le troisième chakra, situé au niveau du plexus solaire. C'est le chakra de la sensibilité et de la paix intérieure, symbole de respect et de dignité.
On apprendra par la suite qu'Asuma est de type Vent tandis que Deidara maîtrise l'élément Terre. Nous savons grâce à la Next Gen que Naruto a comme élément le Vent.
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Sa forme suivante, la plus puissante, est l'utilisation du manteau kyubi.
Le Sharingan est aussi appelé « Pupille Céleste » (天眼, Tengan) en raison des nombreuses habilités qu'il octroie à l'utilisateur.
Il est vaincu par l'« Orbe tourbillonnant » de Konohamaru avant d'affronter Naruto qui le détruit avec sa « Furie de l'orbe ».
Sasuke a perdu son Rinnegan dans le chapitre 53 de Boruto lorsque Boruto, contrôlé par Momoshiki, lui a poignardé l'œil avec un kunai. Il a perdu toutes les capacités de Rinnegan, telles que le ninjutsu espace-temps, la dévastation planétaire et l'absorption des chakras.
Il a dépensé son chakra contre Isshiki, ce qui a finalement entraîné sa mort.
Le Mode Baryon, comme l'explique le renard à neuf queues lui-même, a mangé le chakra de Kurama, la force vitale. Donc, pour que Kurama revienne, il doit lui rester une partie de son chakra. Cependant, si c'était le cas, Naruto aurait senti son Chakra, ce qu'il n'a pas fait jusqu'à présent.