Naruto. L'évocation de ce livre après son combat contre Naruto chamboula Nagato et retourna complètement la situation. Désormais convaincu qu'il doit croire en la réponse de Naruto, il se sacrifia pour rendre la vie à tous les habitants de Konoha qu'il a tué.
Il est finalement vaincu par le « Susanô » d'Itachi, qui s'est libéré de son contrat grâce aux « Déités célestes » de Shisui qu'il avait transmis à Naruto de son vivant ; son épée Totsuka scelle l'âme de Nagato et le libère.
La quatrième grande guerre des Ninja
Nagato est ramené comme mort-vivant par Kabuto Yakushi, aux côtés de nombreux ninjas très puissants, pour servir Akatsuki dans la guerre contre l'Alliance des Ninja. Il est jumelé avec Itachi Uchiha, qui l'aide à marcher, puisqu'il ne peut pas marcher tout seul.
Il est vaincu par l'« Orbe tourbillonnant » de Konohamaru avant d'affronter Naruto qui le détruit avec sa « Furie de l'orbe ».
Cependant, pourquoi avoir choisi Nagato pour porter son rinnegan ? Tout simplement parce que Nagato a une force hors du commun, c'est un Uzumaki qui a un chakra assez puissant pour maitriser le rinnegan et créer des Pain et devenir le chef d'akatsuki.
1. Hagoromo Otsutsuki. Également connu sous le nom de Sage des Six Chemins, Hagoromo Otsutsuki est sans doute le personnage le plus fort de toute la série Naruto. Maniant le Rinnegan depuis qu'il est enfant, Hagoromo possède un talent inégalé pour cet œil.
Il attaque Konoha en invoquant Kyûbi après l'avoir extrait du corps de Kushina juste après la naissance de Naruto. Il affronte Minato qui lui ôte le contrôle du démon avant de se sacrifier pour le sceller en lui et dans le nouveau-né.
#1 Minato et Kushina.
Plus tard, avec les autres kage, elle affronte Madara Uchiwa réincarné par Kabuto ; elle est laissée pour morte par ce dernier avec les autres, son corps étant coupé en deux au niveau du tronc, mais elle utilise Katsuyu pour se maintenir en vie, et ne pas laisser ses compagnons mourir.
Pendant un court moment, lors de la quatrième grande guerre ninja, il absorbe le démon à 10 queues et devient, le personnage le plus fort du manga. Téméraire, endurant et courageux, Obito est le membre le plus puissant de l'Akatsuki.
Les villageois survivants sont témoins du changement du cœur de Nagato et, par extension, la victoire de Naruto sur Pain. Kakashi est ressuscité après qu'il ait terminé sa conversation avec son père, permettant à Sakumo de partir en sachant que son fils était fier de lui. Nagato meurt dû à l'utilisation de son jutsu.
Lors de la quatrième grande guerre ninja, Saï est placé dans l'unité chargée des embuscades dirigée par Kankurô ; il se retrouve confronté à son frère adoptif Shin, invoqué par la « Réincarnation des âmes » de Kabuto et utilisé comme bombe humaine par Deidara.
Sur les membres actifs au début de la seconde partie du manga, cinq sont définitivement morts au combat : Deidara, Sasori (« remplacé » par Tobi), Kakuzu, Kisame, et Itachi. Hidan, quant à lui, n'est pas mort, grâce à l'immortalité que lui procure sa religion, mais est neutralisé, puisque disloqué et enterré vivant.
Jutsu parent
Les Pain Rikudô (ペイン六道, Pein Rikudô) sont six pouvoirs distincts que Nagato utilisait aux travers de corps qu'il contrôlait à distance à l'aide de récepteurs de chakra. Ces six corps étaient donc des extensions de Nagato et possédaient chacun l'un des pouvoirs du Rinnegan.
Après avoir aspiré les neuf démons à queues, Madara transperce Sasuke avec sa propre épée et le laisse pour mort.
Neji meurt en utilisant son corps comme bouclier pour protéger Hinata, qui elle-même voulait protéger Naruto d'une attaque Mokuton de Jûbi, contrôlé par Madara Uchiwa et Obito Uchiwa.
Jiraya – Naruto Shippuden
Ninja légendaire et maitre du protagoniste, Naruto, Jiraya meurt tué par Pain. Les derniers moments du personnage sont déchirants. Alors qu'il pense à tout ce qu'il a raté dans sa vie, il se souvient qu'il peut transmettre son héritage à son jeune apprenti, ce qui lui permet de partir en paix.
Itachi Uchiwa
Grand frère de Sasuke Uchiwa, c'est lui qui a tué les membres de son clan dans ce qui sera plus tard connu comme le massacre du clan Uchiwa, désertant par la suite le village de Konoha. Il devient un ninja déserteur (Nukenin de Rang S) et un membre de l'Akatsuki.
À la suite de cette tragédie, les seuls survivants du clan connus étaient Itachi, qui a fui Konoha, Obito et son jeune frère Sasuke à qui il a laissé la vie sauve grâce à un accord passé avec Danzô.
Chaque personnage n'a pas acquis le même sharingan, par exemple, Sakura n'a pas le même que Naruto. Le Sharingan peut être greffé à une personne qui n'est pas Uchiwa mais il aura besoin de plus de chakra pour l'activer.
Le Rinnegan est issu du Rinne Sharingan de Kaguya Ōtsutsuki, et a d'abord été véritablement manifesté par son fils, Hagoromo Ōtsutsuki, qui est devenu le Sage des Six Chemins en utilisant son dōjutsu pour créer les bases qui ont donné naissance à tout le ninjutsu moderne.
Nagato Uzumaki
Aussi connu sous le nom de Pain, Nagato Uzumaki était l'un des personnages les plus redoutables de toute la série, principalement grâce à son Rinnegan. À l'insu de Nagato, son Rinnegan lui a été offert par Madara Uchiha.