Sur les membres actifs au début de la seconde partie du manga, cinq sont définitivement morts au combat : Deidara, Sasori (« remplacé » par Tobi), Kakuzu, Kisame, et Itachi. Hidan, quant à lui, n'est pas mort, grâce à l'immortalité que lui procure sa religion, mais est neutralisé, puisque disloqué et enterré vivant.
Mort de Sasori et Shin.
Pendant un court moment, lors de la quatrième grande guerre ninja, il absorbe le démon à 10 queues et devient, le personnage le plus fort du manga. Téméraire, endurant et courageux, Obito est le membre le plus puissant de l'Akatsuki.
Peu après la défection d'Orochimaru de l'organisation, Itachi, Kisame et Sasori partirent le trouver sur ordre de Pain. Deidara refusa et Itachi le provoqua en duel en lui promettant de le laisser s'il parvenait à le battre. Deidara fut écrasé par la puissance du Sharingan et forcé de joindre l'Akatsuki.
Sur les membres actifs au début de la seconde partie du manga, cinq sont définitivement morts au combat : Deidara, Sasori (« remplacé » par Tobi), Kakuzu, Kisame, et Itachi. Hidan, quant à lui, n'est pas mort, grâce à l'immortalité que lui procure sa religion, mais est neutralisé, puisque disloqué et enterré vivant.
Alors que le duo se prépare à se battre, Kawaki menace Boruto en disant : "Je t'enverrai là où j'ai envoyé le 7ème Hokage." À l'époque, la fanbase a traduit cette phrase comme étant une menace de mort, et la preuve irréfutable que Kawaki avait assassiné Naruto.
Il attaque Konoha en invoquant Kyûbi après l'avoir extrait du corps de Kushina juste après la naissance de Naruto. Il affronte Minato qui lui ôte le contrôle du démon avant de se sacrifier pour le sceller en lui et dans le nouveau-né.
Jigen. Jigen est sans doute le plus fort personnage connu de tout le Narutoverse, éventuellement égalé ou surpassé par un ou deux ninjas au plus. En tant que vaisseau d'Isshiki Otsutsuki, Jigen possède une puissance énorme, assez grande pour affronter à la fois Naruto Uzumaki et Sasuke Uchiha et en sortir victorieux.
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Deidara fut le plus jeune membre de l'Akatsuki à mourir; il perdit la vie très tôt à l'âge de 19 ans. Kakuzu, qui avait 91 ans lorsqu'il rendit l'âme, en fut le plus vieux. Hidan fut enseveli par Shikamaru dans la Forêt des Cerfs.
Retardés par Tobi pendant le combat de Sasuke face à son frère, ils échouent à retrouver le jeune homme récupéré par Akatsuki. Lors de l'attaque de Pain sur le village de Konoha, Kakashi affronte Tendô, le corps principal de Pain, face auquel il finit par mourir ayant épuisé tout son chakra.
A la fin, Madara, trop fatigué pour maintenir son Sharingan activé, fut tué par Hashirama.
Naruto commence à pleurer et se déchaîne sur Chiyo pour avoir scellé Ichibi en Gaara, par conséquent causé sa mort après l'avoir condamné à une vie de solitude.
Deidara meurt du fait de cette explosion, dont la déflagration prend la forme d'une immense figure abstraite visible à des kilomètres à la ronde, tandis que Sasuke survit en utilisant Manda comme bouclier. Il meurt alors sans savoir que Sasuke a échappé à l'explosion.
Le jour où Sasuke a enfin réussi à égaler la puissance d'Itachi pour pouvoir le tuer, il l'a sérieusement défié et le combat fut gagné par Sasuke ! Malheureusement, c'est après que Sasuke réussi à tuer son frère Itachi, qu'il apprit la vérité cachée sur les motivations et raisons de l'acte de son grand frère…
Il transperça Konan avec un pieu avant de l'étrangler et utilisa une illusion pour la forcer à révéler l'emplacement du Rinnegan. Elle meurt suite à l'illusion de Tobi qui prit alors possession du Rinnegan de Nagato.
Ton pire ennemi dans Naruto est tout simplement Madara, le leader du clan Uchiha. C'est aussi lui qui a co-fondé le village de Konoha… Une bonne chose ? Oui, mais sa soif de pouvoir t'a toujours insupporté, tout comme sa capacité à pouvoir tuer ses amis sans remord.
Épisode 35: Vie et mort.
Malgré un revirement notamment à cause de cette histoire Uchiwa-Senju, Minato reste le meilleur Shinobi de son époque, l'un des plus talentueux de l'histoire. Un sauveur. 6-Qui pour le battre ? Très peux de shinobi peuvent vaincre Minato, même après la fin du manga.
Après avoir aspiré les neuf démons à queues, Madara transperce Sasuke avec sa propre épée et le laisse pour mort.
Elle refuse la proposition d'Orochimaru (feignant d'accepter pour tenter de l'assassiner), et doit alors combattre Kabuto qui parvient à la mettre hors de combat en se poignardant la main.
Hinata ne meurt ni dans le manga ni dans l'anime Boruto et est en parfaite santé en ce moment. Cependant, elle mourra plus tard pour protéger ses enfants pendant l'absence de Naruto.
Chacun s'employa individuellement à voler une clochette à leur sensei, mais cela se solda par un échec. Sakura fut vaincu par un sort de genjutsu de Kakashi dans lequel il lui fit voir un Sasuke mortellement blessé.