Aujourd'hui, les arbres phylogénétiques (ou «Tree of life», arbre de la vie, en anglais) sont le plus souvent représentés en un cercle, dont le centre est la racine d'où partent une multitude de branches et de catégories d'espèces.
Cette idée, longtemps controversée, est largement admise depuis dix ans, et la plupart des biologistes considèrent que l'on connaît bien les grandes lignes de l'arbre du vivant, construit à partir d'un ancêtre commun, la première cellule, qui apparut il y a 3,5 à 3,8 milliards d'années.
Pour construire un arbre phylogénétique à partir d'un ensemble de taxons (ou collection), on commence par construire une matrice taxons-caractères qui permet de comparer ces taxons. Les caractères utilisés comme critères de parenté doivent dépendre du programme génétique des êtres vivants.
Ancêtre commun : qu'est-ce que c'est ? Un ancêtre commun à deux ou plusieurs espèces correspond à l'organisme parent hypothétique le plus proche dans le temps desdites espèces. Il existe un ancêtre commun à tous les êtres vivants.
Influencé par les travaux de Darwin sur l'évolution, Haeckel fut le premier savant à dresser, en 1866, un arbre généalogique ou phylogénétique du monde vivant avec trois règnes, les Animaux (Animalia), les Plantes (Plantae) et les Protistes (Protista), descendant d'une seule et même origine.
À partir du premier ancêtre commun, dessiner progressivement des branches et des nœuds pour : placer les taxons en haut à l'extrémité des branches ; placer progressivement, de gauche à droite, des taxons ayant de plus en plus de caractères dérivés.
Un arbre de probabilité ou arbre pondéré permet de décrire une expérience aléatoire et de calculer des probabilités. Pour le construire, on part d'une origine que l'on nomme racine de l'arbre, puis on construit les branches qui mènent aux feuilles appelées nœuds, c'est-à-dire à tous les événements possibles.
Dans un arbre généalogiques, les femmes sont toujours représentées par des ronds et les hommes par des carrés. La couleur des ronds et des carrés précise le phénotype des individus. On repère les individus par la génération à laquelle ils appartiennent et leur numéro (ex : individu II.
Partir à la recherche de l'ancêtre commun de deux êtres vivants revient à chercher le nœud, le niveau de réunion, des branches qui proviennent de deux êtres vivants. Les caractères de l'ancêtre commun sont ensuite déduits à partir du point de jonction des branches jusqu'au caractère le plus ancien.
Un arbre phylogénétique est un schéma qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants. Le nombre de nœuds qui séparent deux espèces indique le degré de parenté.
Les êtres humains, les animaux et les plantes sont des êtres vivants. Tous les êtres vivants : le serpent, l'oiseau, la fleur, l'arbre, l'homme… passent par les mêmes étapes de la vie. Ils naissent, ils se développent, ils se reproduisent et ils meurent.
Une branche qui s'arrête avant la surface signifie que l'espèce a disparue. Le long d'une branche, depuis il y a 3,5 milliards d'années, des êtres vivants se reproduisent : ils ont des petits, leurs petits font des petits et ainsi de suite : on dit que les générations se succèdent.
Dans la religion chrétienne, le symbole de l'arbre de vie est fortement associé à l'amour de Dieu et à sa protection. Il est intimement lié à la vie éternelle, et en filigrane à l'accès au paradis. Enfin, l'arbre de vie est également symbole de paix et d'harmonie.
Un fossile n'est donc pas un ancêtre commun à un groupe, puisqu'il y a une preuve de son existence, mais il partage des liens de parenté avec d'autres espèces. On ne peut savoir à quoi ressemblait exactement cet ancêtre commun, on peut seulement connaître une partie des caractères qu'il possédait.
L'arbre phylogénétique montre la succession des émergences des groupes d'organismes vivants au cours du temps, mais surtout leurs relations de parenté. Il est fondé sur l'analyse de nombreux caractères chez les espèces qu'il présente.
Les Crocodiles n'étaient pas des Dinosaures, mais ils étaient proches parents. Plus proches, en tous cas, que les Lézards et les Serpents.
SPÉCIATION, subst. fém. BIOL. ,,Formation, au cours de l'évolution biologique, d'espèces distinctes, génétiquement isolées les unes par rapport aux autres`` (L'Hér.
Il faut aussi distinguer un arbre phylogénétique d'un arbre généalogique. Ils sont tous deux issus de la même réflexion, mais dans un arbre généalogique on peut répondre à la question “qui descend de qui?”, tandis qu'avec un arbre phylogénétique, on ne peut répondre qu'à la question “qui est plus proche de qui?”.
Dans cette généalogie, il est parfois difficile de déterminer qui est homme et qui est singe, mais il est en tout cas inexact de dire que l'homme descend du singe. Il est bien plus juste de constater simplement que l'homme actuel et les singes modernes ont un ancêtre commun.
La lignée humaine comprend tous les groupes d'êtres vivants descendants du dernier ancêtre commun de l'homme avec son plus proche parent, le chimpanzé. Le seul représentant actuel de la lignée humaine est l'Homo sapiens.
L'ancêtre de l'être humain est apparu sur le continent africain il y a environ 5 millions d'années : c'est l'australopithèque.